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毫无疑问KAORI最新番号，Seurat历程是现在单细胞转录组数据分析的主流，然而咱们在曩昔的五年皆熟习了它的V4版块的代码架构，在R谈话的cran官网不错看到其历史更新情况： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/最近三年皆是V4的版块： [ ] Seurat_4.0.0.tar.gz 2021-01-30 01:00 1.4M [ ] Seurat_4.0.1.tar.gz 2021-03-18 07:30 1.4M [ ] Seurat_4.0.2.tar.gz 2021-05-21 00:00 1.4M [ ] Seurat_4.0.3.tar.gz 2021-06-10 23:20 1.4M [ ] Seurat_4.0.4.tar.gz 2021-08-20 21:10 1.4M [ ] Seurat_4.0.5.tar.gz 2021-10-17 22:30 1.4M [ ] Seurat_4.0.6.tar.gz 2021-12-16 18:00 1.4M [ ] Seurat_4.1.0.tar.gz 2022-01-14 19:32 1.4M [ ] Seurat_4.1.1.tar.gz 2022-05-02 07:40 1.4M [ ] Seurat_4.2.0.tar.gz 2022-09-22 00:50 1.4M [ ] Seurat_4.2.1.tar.gz 2022-11-08 01:00 1.4M [ ] Seurat_4.3.0.tar.gz 2022-11-19 00:30 1.4M [ ] Seurat_4.4.0.tar.gz 2023-09-28 10:50 1.5M 咱们依赖于这个V4的版块的Seurat历程作念出来了多半的大家数据集的单细胞转录组降维聚类分群历程，100多个大家单细胞数据集全部的不休，流通：https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?pwd=3heo 然而最近其官方版块成为了V5，流通是：https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html Version: 5.0.0Depends: R (≥ 4.0.0), methods, SeuratObject (≥ 5.0.0)Imports: cluster, cowplot, fastDummies, fitdistrplus, future, Published: 2023-11-04Package source: Seurat_5.0.0.tar.gzWindows binaries: r-devel: Seurat_5.0.0.zip, r-release: Seurat_5.0.0.zip, r-oldrel: Seurat_5.0.0.zip 同期还升级了 SeuratObject 亦然V5了，这么的话要是新东谈主启动学单细胞转录组技巧分析历程，使用默许的装配代码，就默许装配了V5版块的SeuratObject 和Seurat，荒谬可怕！！！ 图片 Seurat的默许的装配代码是从CRAN装配：# 1 directly download from CRAN# mirror for cran： options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") install.packages("Seurat", repos="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")install.packages("Seurat")library(Seurat)这个SeuratObject 是Seurat的底层，是以必须沿路弄： https://cran.r-project.org/web/packages/SeuratObject/index.htmlhttps://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/况兼不错看到皆是V4版块，皆是它的旧版块 [ ] SeuratObject_4.0.0.tar.gz 2021-01-15 09:50 146K [ ] SeuratObject_4.0.1.tar.gz 2021-05-08 06:50 145K [ ] SeuratObject_4.0.2.tar.gz 2021-06-09 11:20 145K [ ] SeuratObject_4.0.3.tar.gz 2021-11-10 23:20 148K [ ] SeuratObject_4.0.4.tar.gz 2021-11-23 21:00 149K [ ] SeuratObject_4.1.0.tar.gz 2022-05-01 16:40 184K [ ] SeuratObject_4.1.1.tar.gz 2022-08-29 21:50 190K [ ] SeuratObject_4.1.2.tar.gz 2022-09-20 18:30 190K [ ] SeuratObject_4.1.3.tar.gz 2022-11-07 19:50 185K [ ] SeuratObject_4.1.4.tar.gz 2023-09-27 00:30 186K 最初卸载你默许装配的V5版块的SeuratObject 和Seurat记着：卸载之前一定要重启你的r谈话好像rstudio，好像保证你确刻下环境下莫得加载SeuratObject 和Seurat。 然后就不错通俗的使用代码去卸载你默许装配的V5版块的SeuratObject 和Seurat： remove.packages(“SeuratObject”)remove.packages(“Seurat”) 要是你有rstudio软件，也不错在界面我方操作鼠标去卸载两个包。 然后装配旧版块的SeuratObject 和Seurat装配旧版块的SeuratObject 和Seurat需要最初拿到网页流通地址，然后从网页装配# 4 download from URLpackageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz" install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz" install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source") 上头的代码一定要记着端正哦，况兼， 要是他们装配的过程中有依赖包的缺失，就需要我方主动先装配那些缺失的包哈！ 现在莫得看到一定要用最新版Seurat的事理正本呢觉得这个 pseudobulking (AggregateExpression()) 是最新版才有的，详见：https://satijalab.org/seurat/articles/de_vignette 本体上，我之前也共享了：单细胞层面的抒发量各异分析到底若何作念，提到了pseudobulks格式，况兼给出来了多种代码竣事方式，详见：单细胞各异分析之pseudobulk的3种竣事格式 附近上门要是你如实感风趣风趣，也接待读一下官方文档：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands 咱们就不代劳了KAORI最新番号，要否则到时期众人又品评咱们是github文档翻译器。。。。 Standard Seurat workflowSeurat Object Data AccessCell, feature, and layer namesIdentity class labelsCell metadataExpression data (stored as layers in Seurat v5)Dimensional reductionsFetchDataSubsetting and mergingSubset Seurat objectsSplit layersSplit objectsMerge objects (without integration)Merge objects (with integration)Pseudobulk analysisVisualization in SeuratMulti-Assay FeaturesAdditional resources
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